一、核心税种与适用规则

食用菌产业涵盖了种植环节，还有初加工环节，以及深加工环节，并且包括流通全链条，其税种适用因为环节不同，以及主体类型不同，差异十分显著，核心税种如下：

（一）核心税种

1. 增值税

（1） 种植环节

从事农业生产的生产者把自己生产出来的初级状态的食用菌，也就是新鲜的、没有经过干燥处理的菌菇拿去售卖，是不用缴纳增值税的。

（2） 加工环节

对于将外购的食用菌进行初加工，也就是干制、盐渍以及清洗包装这些情况，是按照9%的税率来计算税额的；而对于采用那些外购食用菌进行深加工，比如制作香菇酱、菌菇脆、提取物以及罐头这些产品的情况，则是按照13%的税率来计算税额的。

（3） 流通环节

自己生产出来的食用菌，在流通的时候是免税的，从外面购买来进行加工的产品，要按照对应的税率来计算税款，而小规模纳税人，则是按照百分之三（在特殊的时期会减按百分之一）的征收率进行简易计算税款。

（4） 抵扣规则

对于一般纳税人来说，当购进自产的食用菌时，是按照9%的扣除率去抵扣进项税的；自2026年开始，会取消深加工环节1%的加计抵扣，如此一来，深加工企业的税负便会上升。

2. 所得税（企业/个人）

（1）企业所得税

种植自己生产出来的食用菌所获得的收益是属于免征范畴的，最初进行加工所获取的收益按照财税〔2008〕149号文件规定是免征的，而深度加工所得到的收益则是按照25%的税率去缴纳的（要是属于高新技术企业的话可以按照15%来缴纳）。“公司 + 农户”这种模式被视作是自己生产的情况，能够享受到种植方面免税的优惠。

（2）个人所得税

个体工商户或者个人独资企业，种植食用菌所得到的收益，是免征个人所得税的；而对于深加工之后经营所获得的收益呢，要按照百分之五到百分之三十五超额累进税率来进行缴纳。

3. 附加税费

随着增值税一同缴纳，要是免征增值税之际附加税费会同步被免征；倘若需要缴纳增值税，那么就要依据实际缴纳的税额来进行计算（其中城建税存在7%、5%、1%这几种税率，教育费附加是3%，地方教育附加是2%）。

（二）其他税种

1.印花税

在种植环节，收购合同以及合作社购销自产合同是被免征的，而深加工购销合同则是按照千分之零点三来进行缴纳。

2.房产税/城镇土地使用税

作农业用途的生产用地，用于种植的大棚属免征范围；而进行深加工的厂房，其办公用地则需按照规定予以缴纳。

3.耕地占用税

合法种植食用菌占用耕地免征；违规占地按当地标准缴纳 。

二、重点优惠政策（2026年最新）

（一）增值税优惠

1. 自产初级食用菌免税

（1）适用主体

种植户、合作社、“公司+农户”企业等农业生产者 。

（2）享受条件

该产品乃是未曾经过深度加工处理的新鲜品类、保持原始形态的菌菇，被归入《农业产品征税范围注释》之中。

（2）政策依据

《增值税法》，财政部与税务总局发出的2026年第9号公告，2026年第10号公告。

2. 初加工增值税适用9%税率

（1）适用范围

将产品进行干制，再予以盐渍，接着开展清洗，随后进行分级，最后实施包装等这般简单的加工，并不会使产品的本质属性发生改变。

（2）抵扣提示

进料时，原材料按减去百分之九后的金额扣除，取消了额外加计抵扣的百分之一后，对于进行深加工的企业而言，需要将初加工业务与深加工业务分开单独开展核算。

（二）所得税优惠

1. 种植所得免征企业所得税

（1）适用范围

鲜食用菌种植、菌种培育（属于农业种植范畴） 。

（2）享受条件

单独核算种植所得，留存种植面积、产量、销售记录等资料。

2. 初加工所得免征企业所得税

（1）适用范围

将干制菌菇进行初加工，把盐渍菌菇予以初加工等，都符合财税〔2008〕149号所规定的《农产品初加工范围》。

（2）禁止情形

罐头、调味制品、提取物等深加工不得享受。

3. “公司+农户”模式优惠

视同农业生产者自产，同步享受种植与初加工所得税免税 。

4. 深加工专项优惠

提取那些具有较高附加价值的类似多糖还有多肽这样的产品，能够去享受那种三年免征以及接下来三年减半征收企业所得税的优惠待遇。

（三）其他税费优惠

首先，存在这样一种情况，即合作社要是销售其自己生产出来的食用菌，那么是可以免征印花税的。其次，对于农业生产所开展使用的土地以及相关设施，是能够免征房产税以及城镇土地使用税的。

首先，存在小规模纳税人，其月销售额处于 10 万元以下的情况，或者季度销售额在 30 万元以下，对于这种情况，是免征增值税的，并且该免征情况延续到 2026 年。

三、核心涉税风险与防控

（一）增值税风险

1. 免税界定不清

（1）风险点

错误地把干制菌菇以及盐渍菌菇这样的初加工判定为免税，把深加工产品也就是菌菇酱和罐头按照百分之九进行计税，搅乱了自产产品与外购产品。

（2）防控

依据《农业产品征税范围注释》严格进行对照，初加工适用9%的税率，深加工的税率为13%——自产的情况是免税，外购的则需缴税，要对不同税率的业务单独进行核算。

2. 收购发票合规风险

（1）风险点

存在虚开收购发票的情况，其中包括虚构农户，还虚增了金额，并且开票信息不全，另外跨区域调运时未按规定开票，最终引发了税务稽查以及刑事处罚。

（2）防控

留存，关于收购合同的相关内容，以及农户身份证明，还有物流单据，以及付款凭证；推广，电子收购发票；规范，经纪人代卖开票流程。

3. 小规模纳税人违规抵扣

（1）风险点

小规模纳税人开具了百分之三的专用发票之后，一般纳税人违规按照百分之十进行抵扣；小规模纳税人超过了免税标准却没有进行申报。

（2）防控

低于一定规模的纳税主体按照百分之三的比例开具专用发票，具备一般纳税人资格的主体依据发票上明确标注的税额进行抵扣，一旦超过了免税所规定的标准，需要马上进行申报并缴纳税款。

（二）所得税风险

1. 所得核算不规范

（1）风险点

没有把种植所获得的，以及深加工而得到的，两者进行分开核算，把深加工出现的亏损用来冲减掉种植的免税所得；初加工的成本跟深加工的成本相互混淆。

（2）防控

把单独建账核算该种植业务，单独建账核算初加工业务，单独建账核算深加工业务，分别将收入归集起来，分别把成本费用归集起来。

2. 初加工界定错误

（1） 风险点

将深加工产品按初加工享受免税，被追缴税款并加收滞纳金。

（2）防控

参照的是财税〔2008〕149号文件，仅仅认可的是物理加工，也就是干制、清洗、包装这些，而化学提取、调味以及罐头等情形都属于深加工。

3. “公司+农户”模式合规性不足

（1）风险点

没有切实去承担起种植管理方面的责任，仅仅只是提供菌类物种，而且是收购相应产品的情况之下，被认定属于向外购买的农产品，从而没办法去享受到免税待遇。

（2） 防控

留下针对技术指导的资料，留存有关田间管理的资料，保存收购合同等资料，以此去证明“公司 + 农户”模式是真实的。

（三）征管与合规风险

1. 凭证管理缺失

（1）风险点

未留存种植方面的涉及相关记录，未留存销售领域的对应发票，未留存收购环节所需凭证，在税务展开核查期间，没有办法证明业务具备真实性，最终被取消优惠资格。

（2）防控

要构建起全链条的台账，这台账涵盖了种植面积，涵盖了产量，涵盖了收购单价，涵盖了销售流向，涵盖了付款凭证等，并且相关资料得留存，留存的时间至少得是5年。

2. 跨区域经营风险

（1）风险点

有着跨区域的销售行为，可却并未按照规定去进行备案，因地方执行口径存在差异，进而导致出现重复征税或者漏税的情况。

（2）防控

将免税资格向经营地税务机关去备案，与政策执行标准积极主动地进行沟通，由此来规避地方差异所带来的风险。

3. 政策理解偏差

（1）风险点

如果不小心把深加工当作初加工去享受优惠了，或者没能及时享受到小规模纳税人免税政策，那么就会导致税负增加。

（2）防控

聚焦于税务部门所给出的政策解读，按照固定的周期去参与培训，在存在必要情形的时候去询问专业的税务顾问，以此来保障政策适用的精确性。

四、合规操作要点

（一）产品属性精准划分

新鲜的产品、呈现原始形态的菌菇，这类情况是自产且免税的；经过干燥处理的、用盐腌制的、进行包装的，这类情况适用9%的税率，不过初加工的是免税的；而经过深度加工的，适用13%的税率，需正常缴纳税款。

（二）凭证链条完整闭环

于种植阶段，留存相关合同，于收购阶段，留存对应发票，于加工阶段，留存所示物流信息，于销售阶段，留存付款凭证以及质检资料，以此确保业务真实且具备可追溯性。

（三）单独核算清晰归集

（四）免税备案及时办理

把免税申请提交给主管税务机关，将备案资料留存着，在享受优惠资格以后按照规定去申报。